Para la medición de la puntualidad, la aerolínea utiliza uno de los criterios más exigentes utilizados a nivel internacional por las mejores aerolíneas del mundo.

Algunas empresas utilizan el horario de llegada, lo que resulta menos exigente, ya que permite recuperar tiempo perdido durante el vuelo, aunque esto suponga un mayor uso de combustible. Otras compañías u organismos, como la ANAC (Agencia Nacional de Aviación Civil) de Brasil, miden la puntualidad como el porcentaje de vuelos que despegan con hasta 30 minutos de atraso respecto al horario marcado.

En el caso de PLUNA, se decidió utilizar el horario de salida, ya que es el menor tiempo de espera y la puntualidad en la salida, lo que más valoran los pasajeros en una compañía aérea. Además se mide y reporta el porcentaje de vuelos que despegan con hasta 15 minutos de atraso (y no 30, como en Brasil) respecto al horario marcado. 

Utilizando estos criterios, PLUNA tuvo el año pasado un desempeño promedio en el primer semestre de 65%, que en el segundo semestre subió a 82%. Este año, en enero, aún con la fuerte actividad de la temporada, se logró un desempeño del 82%, en febrero, un 79% y en marzo, de un 89%. También, en estas últimas semanas, dos veces se registró un desempeño del 100% de los vuelos con cero minuto de atraso, el 26 de marzo y el 6 de abril. Durante estos meses la cantidad de vuelos mensual fue superior al millar, registrándose por ejemplo en el mes de marzo, 1.046 vuelos, un 43% más que el mismo mes del año pasado.

La puntualidad es uno de los atributos más valorados por los pasajeros de una aerolínea y en el caso de PLUNA se estableció como prioridad, incluso con un sistema de incentivos que premia a todos los empleados, relacionado a este indicador de desempeño y al correcto traslado del equipaje.